W czasie fermentacji, w zależności od warunków, mogą działać różne mikroorganizmy, wytwarzające różne produkty w wyniku dokonywanej przemiany materii. Wpływają one korzystnie lub niekorzystnie na ja­kość kapusty. Zadaniem technologa jest kierowanie tymi procesami w celu osiągnięcia z góry zaplanowanego wyniku. Drobnoustroje występujące w czasie kiszenia można ogólnie podzielić na szkodliwe i pożyteczne. Do szkodliwych należą: bakterie gnilne, bak­terie kwasu octowego, masłowego, pleśnie i niektóre drożdże. Do poży­tecznych zaś należą bakterie z grupy bakterii kwasu mlekowego. Które z nich opanują środowisko, będące w zasadzie dobrym podłożem dla rozwoju wszystkich drobnoustrojów, zależy to od stworzonych warun­ków. Temperatura 20—22°C, korzystna dla szybkiego rozpoczęcia fermen­tacji, odpowietrzenie, obecność soli, przyczyniają się do opanowania śro­dowiska przez bakterie fermentacji mlekowej. Pociąga to za sobą wzrost kwasowości, a przez to uniemożliwienie rozwoju, np. bakterii gnilnych. Nie zabezpieczenie przed dostępem tlenu powierzchni stwarza warunki do rozwoju drożdży kożuchujących i pleśni. Bakterie fermentacji mlekowej można podzielić na bakterie czystej fermentacji mlekowej (homofermentatywne) i bakterie o złożonej fer­mentacji (heterofermentatywne). Dla homofermentatywnych bakterii przebieg fermentacji można ująć równaniem: C6H1206 -> 2 C3H6Oj + 22,5 kcal, które ujmuje stan wyjściowy i końcowy efekt, nie dając stadiów przej­ściowych. Bakterie te zamieniają na kwas mlekowy do 98% rozłożonego cukru. Dla heterofermentatywnych bakterii równania tego nie można za­stosować, gdyż prawa strona musiałaby uwzględniać również inne związ­ki wytworzone przez te bakterie, jak dwutlenek węgla, alkohol etylowy, kwas octowy, mannit, glicerynę oraz inne substancje, które przewyższają ilościowo powstający kwas mlekowy. Są one jednak pożądane w kiszeniu kapusty, przyczyniając się do jej aromatyzowania. Wspomniane bakterie mogą wykorzystywać również inne cukry, oprócz heksoz. Różnorodność bakterii fermentacji mlekowej jest duża. Cały proces kiszenia można podzielić na okresy: wstępny, fermentacji wczesnej, fermentacji średniej i fermentacji późnej. Okres wstępny. Nie powinien trwać dłużej niż 2 dni. W tym czasie następuje intensywne rozmnażanie się drobnoustrojów. Okres fermentacji wczesnej. Gdy drobnoustroje wydzielają już znacz­ną ilość produktów swej fermentacji, daje on znać o sobie wydziela­niem się na zewnątrz gazu. Rozpoczyna się wtedy okres fermentacji wstępnej. Wydzielające się gazy — to głównie C02 pochodzące z fermen­tacji alkoholowej, z oddychania tkanek, z fermentacji mlekowej prowa­dzonej przez drobnoustroje z grupy heterofermentaeji. Z gazami, które muszą mieć odpływ, ustępuje goryczka z kapusty, która jest wynikiem m. in. uwolnienia się związków siarki z połączeń białkowych. Stężenie jonów wodorowych powinno w tym okresie wzrastać (pH powinno spaść z 7 do 4), kwasowość zaś, wyrażona w procentach, nie powinna być niż­sza pod koniec tego okresu, od 1,0%. Temperatura fermentacji powinna wynosić około 20°C. Okres fermentacji średniej. Charakteryzuje się mniejszą ilością wy­dzielanych gazów. Kwasowość wzrasta do 1,5%, pH spada do około 3,4. W tym okresie temperatura powinna być obniżona do 15°C w celu zwolnienia tempa fermentacji. Okres fermentacji późnej. Gazy prawie nie wydzielają się, działają jeszcze formy bakterii o kształcie długich pałeczek, wytwarzające wyż­szą kwasowość (głównie formy aromatyzujące). Temperatura końcowych faz może być jeszcze niższa i wynosić około 10°C. Czas fermentacji może być różny; w zależności od warunków trwa od kilku do kilkudziesięciu dni. Po zakończonym procesie kiszenia kapusta pozostaje w silosie do ma­gazynowania albo przekładana jest do beczek i w nich magazynowana aż do wysłania.