Odpływający z tacy zbiorczej sok zawiera pewne ilości stałych części owoców, które powinny być z niego usunięte. Dokonuje się tego na dro­dze wstępnego oczyszczania przy użyciu kwasoodpornych sit o prześwi­tach oczek do 2 mm. Wstępnie oczyszczony sok podawany jest odwirowaniu w różnego ty­pu wirówkach, w których do oddzielania zawiesin wykorzystuje się si­łę odśrodkową, wytwarzaną przez obracający się z dużą szybkością bąk. Zanieczyszczenia z wprowadzonego do wirówki soku, które mają więk­szą masę właściwą, zostają wydzielone siłą odśrodkową i odrzucone na wewnętrzne ściany bąka gromadząc się w formie zbitego osadu. Oczysz­czony zaś sok wypływa z wirówki otworem wylotowym. Po pewnym czasie, gdy sok nie mając swobodnego przepływu zaczyna porywać osad, wirówkę należy rozebrać i oczyścić. W przypadku braku wirówek sok poddaje się procesowi sedymentacji, polegającej na samoczynnym osadzaniu się zawiesin na dnie w zbiorni­kach pod wpływem działania siły ciężkości. Czas sedymentacji wynosi 2—3 godzin. Jeżeli miazga nie była poddana obróbce enzymatycznej, sok będąc bardziej lepki trudno się oczyszcza. Można wówczas zastosować zabiegi przyspieszające osadzanie się zawiesin (zabiegi klarujące). Oczyszczanie na drodze sedymentacji, trwające zbyt długo, powoduje niebezpieczeństwo zafermentowania. Jeżeli sok ma być konserwowany za pomocą dwutlenku siarki, można go dodać do soku przed oczyszczaniem, zabezpieczając go w ten sposób przed fermentacją. Sok ściągnięty znad osadu przekazywany jest do konserwowania i ma­gazynowania lub do bieżącej produkcji odpowiednich wyrobów gotowych. Ponieważ tlen bardzo ujemnie oddziałuje na cenne składniki soku, pożądane jest, by został odpowietrzony. Można to osiągnąć stosując róż­nego systemu odpowietrzacze, działające na zasadzie wysysania powietrza z rozpylanego soku przy zmniejszonym ciśnieniu. Towarzyszy temu częś­ciowe ulatnianie się pary wodnej oraz substancji aromatycznych. W nowocześniejszych rozwiązaniach zaleca się metodę wypierania po­wietrza z soku gazem obojętnym — azotem, dwutlenkiem węgla, lub wią­zanie tlenu zawartego w soku z substancjami o mniejszej wartości die­tetycznej przy użyciu odpowiednich enzymów (odpowietrzanie enzyma­tyczne).