Przechowywane w magazynach produkty narażone są na uszko­dzenie i zanieczyszczenie przez szkodniki. Szkodnikami są drob­noustroje, owady, roztocze i gryzonie (rys. 32). Do owadów zaliczamy: wołka zbożowego, wołka ryżowego, mola mącznego, mola ziarniaka, mola odzieżowego, karaczana i inne. Roztoczem jest rozkruszek mączny, szczeciniasty i drobny. Do gryzoni zaliczamy: szczury, myszy domowe i my­szy polne. Walka ze szkodnikami ma szczególne znaczenie gospodarcze, ogólnospołeczne i higieniczne. Straty powodowane przez szkod­niki sięgają w skali światowej 10% magazynowanych towarów. Nieobojętna jest dla nas sprawa ubytku produktów zjedzonych lub zepsutych przez szkodniki, a nie mniej ważna jest sprawa hi­gieny i pewność, że spożywany produkt nie jest zanieczyszczony lub zakażony przez szkodniki. Ochrona przed działaniem szkodników polega na przestrzega­niu czystości, składowaniu towarów w magazynach zabezpieczo­nych przed szkodnikami, stosowaniu deratyzacji i dezynsekcji zgodnie z obowiązującymi w tej mierze przepisami, chroniącymi przechowywane produkty przed zatruciem. Deratyzacja polega na wykładaniu dla gryzoni silnych środków trujących, jak arszenik, strychnina, arsenin sodu i in­nych połączonych najczęściej z ziarnami zbóż. Dezynsekcja — to niszczenie pajęczaków i owadów za pomocą środków wydzielających trujące gazy (np. cyjanowodór, dwuchloroetan), duszących pyłów (np. azotox) lub środków od­straszających (np. naftalina). Oprócz chemicznych środków zwalczania szkodników stosuje­my także metody mechaniczne (np. pułapki na gryzonie). Biolo­giczne wyniszczanie gryzoni polega na zakażaniu ich chorobami zakaźnymi. Zaatakowane przez szkodniki towary można niekiedy uchronić przed zniszczeniem za pomocą metod fizycznych, polega­jących na działaniu gorącą parą wodną, strumieniem gorącego po­wietrza lub przez zastosowanie niskich temperatur.